गिलगित पांडुलिपियों को पहली बार 1931 में गिलगित के नौपुर गांव में एक प्राचीन स्तूप जैसी संरचना के खंडहरों में खोजा गया था। यह कश्मीर में गिलगित के दो मील पश्चिम में युवा चरवाहों के एक समूह द्वारा की गई एक खोज थी। पांडुलिपियों को साइट पर एक लकड़ी के बक्से के अंदर पाया गया था। 1938 में इस स्थल पर खुदाई की गई और कई पांडुलिपियों का पता लगाया गया। यद्यपि भवन के मूल उद्देश्य ज्ञात नहीं है लेकिन यह माना जाता है कि यह बौद्ध भिक्षुओं के लिए एक मठ पुस्तकालय है, जो संभवतः धार्मिक सलाहकारों, अनुष्ठान चिकित्सकों, चिकित्सकों, नकल करने वालों और शास्त्रियों के रूप में कार्य करते थे।

अस्पष्ट पांडुलिपियों को पूर्ण में संरक्षित नहीं किया गया है, बल्कि वे दुनिया भर के विभिन्न पुस्तकालयों में बिखरे हुए हैं। ब्रिटिश पुरातत्वविद् ऑरेल स्टीन ने कुछ पांडुलिपियों को ब्रिटिश संग्रहालय में शामिल कर लिया है, जबकि फ्रांसीसी पुरातत्वविद् जोसेफ हैकिन ने पेरिस के मुसी गुमेट में भी कुछ को जमा किया। पांडुलिपियों का एक बड़ा हिस्सा काश्मीर के महाराजा द्वारा श्रीनगर संग्रहालय में रखा गया था। 1948 के भारत-पाकिस्तान युद्ध के दौरान, भारत के तत्कालीन प्रधान मंत्री पंडित जवाहरलाल नेहरू ने श्रीनगर में पांडुलिपियों का एक हिस्सा नई दिल्ली में रखा था।

वर्तमान में साइट पर संरक्षित किए गए ग्रंथों या शीर्षकों की कुल संख्या निर्धारित करना असंभव हो गया है। हालांकि, यह अनुमान लगाया गया है कि लगभग 50 पांडुलिपियां थीं जिसमें 17 अवदान (के साथ 57 शीर्षक शामिल थे (कहानियाँ जो आमतौर पर बुद्ध द्वारा सुनाई जाती हैं) शामिल हैं। 

ये पांडुलिपियाँ पहले केवल उनके चीनी और तिब्बती अनुवादों के माध्यम से जानी जाती थीं। नौपुर में संस्कृत मूल बौद्ध ग्रंथ की खोज इतिहास में एक महत्वपूर्ण घटना थी। गिलगित पांडुलिपियों में सबसे प्रमुख सदधर्मपुंडरीकसूत्र (लोटस सूत्र) पांडुलिपियां हैं और इनमें से चार नई दिल्ली में राष्ट्रीय अभिलेखागार में संरक्षित हैं।

सदधर्मपुंडरीकसूत्र की गिलगित पांडुलिपियों को बर्च पेड़ की छाल पर लिखा गया है, जिसमें से एक को मिट्टी की परत चढ़े कागज पर लिखा गया है। केवल गिलगित पांडुलिपियों को ही पूरी तरह से इस तरह के कागज पर लिखा गया है। कुछ गिलगिट पांडुलिपियों जैसे कि समागमसूत्र को आंशिक रूप से बर्च की छाल पर और आंशिक रूप से इस तरह के मिट्टी-लेपित कागज पर लिखा गया है। इन पांडुलिपियों को गिलगित क्षेत्र के ठंडे तापमान और बर्च की छाल के कारण अच्छी तरह से संरक्षित किया गया था क्योंकि बर्च की छल गलने और सडने की प्रतिरोधी होती है। 

अधिकांश गिलगित पांडुलिपियों के कोलोफोन्स (पुस्तक के शीर्षक पृष्ठ पर प्रिंटर का प्रतीक) संरक्षित नहीं हैं। केवल दो सदधर्मपुंडरीकसूत्र पांडुलिपियों में कोलॉफन्स हैं। इन कॉलोफोन्स का बहुत बड़ा ऐतिहासिक महत्व है क्योंकि उनके ऊपर अंकित पांडुलिपि के दानदाताओं के नाम हैं। इन लोगों को सदधर्मपुंडरीकसूत्र के पहले उपासक के रूप में भी मान्यता दी गई है। इन कॉलोफोन्स में दी गई जानकारी से यह माना जा सकता है कि मृतक दाताओं के नामों को पढ़ाने की प्रथा गिलगित में प्रचलित थी जिसके परिणामस्वरूप दाताओं को लंबे समय तक याद किया जाता था।